Heinrich Bullinger wurde 1504 in der Kleinstadt Bremgarten als Sohn des im Konkubinat lebenden katholischen Pfarrers Heinrich Bullinger geboren (1529 bekehrte sich auch der Vater zur Reformation und legalisierte seine Ehe mit Anna Wiederkehr).
Nachdem sich die Reformation 1519 in Zürich endgültig durchgesetzt hatte, begannen Huldrych Zwingli und Gleichgesinnte, ihren Einfluss auf die Grafschaft Baden auszudehnen. Im selben Jahr wurde dem päpstlichen Ablassprediger Bernhardin Samson das Predigen in Bremgarten untersagt. Als 1528 auch im westlich gelegenen Berner Aargau die Reformation eingeführt wurde, geriet die Gegend um Bremgarten in den Brennpunkt der religiös-politischen Spannungen zwischen den reformierten Städten und den katholisch gebliebenen Orten der Innerschweiz.
Im Februar 1529 gab Heinrich Bullinger der Ältere, Dekan der Pfarrei Bremgarten, öffentlich seinen Übertritt zum neuen Glauben bekannt. Er wurde wenige Tage später von der Ratsversammlung abgesetzt und durch Johannes Aal ersetzt. Doch nur drei Monate später setzte sich die reformierte Seite endgültig durch, wählte Heinrich Bullinger den Jüngeren zum neuen Pfarrer und liess die Heiligenbilder verbrennen. Nach dem unblutigen ersten Kappelerkrieg wurde beiden Konfessionen die Gleichberechtigung zuerkannt.